Sejarah Kota Ambon, sebuah kota yang menjadi ibu kota Provinsi Maluku, Indonesia, berkelangsungan selama lima abad. Pada mulanya, Pulau Ambon didiami oleh suku Ambon yang berasal dari Pulau Seram di sisi utara pulau.[1] Cikal bakal Kota Ambon mulai ada setelah datangnya para penjelajah Portugis ke Maluku pada 1513.[2] Setelah itu, muncullah berbagai perkampungan yang terus menerus berkembang hingga menjadi Kota Ambon seperti sekarang.